Contente

• Visão geral do software
• Tipos de arquivos suportados
• Extensão de arquivo principal
• Outras extensões de arquivo usadas pelo Integrated Genome Browser 9

Versão (a partir de 29/06/2016)	9
Plataformas
Licença	Código aberto
Categoria	Científico

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Visão geral do software

Principais características

• Suporta vários formatos de genoma, como GenBank e FASTA
• Interagir com dados com animações de zoom e panning
• Acessar e carregar genomas de sites do QuickLoad
• Transforme dados em várias formas gráficas
• Compartilhe dados com colaboradores por meio do Dropbox
• Instalar plugins para funcionalidade adicional

Integrado Genome Browser (IGB) é um programa de código aberto usado para visualizar e explorar grandes conjuntos de dados genômicos. Você pode visualizar vários formatos de dados, interagir com seus dados, criar gráficos, salvar suas informações como imagens e compartilhar seus dados com os colaboradores.

O IGB permite visualizar dados de anotações e seqüências alinhadas. O programa suporta uma variedade de formatos como FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband e GenBank. Você pode pegar dados e transformá-los em uma variedade de formas gráficas, incluindo gráficos de incompatibilidade para destacar diferenças de dados e gráficos de profundidade para mostrar a cobertura. Você também pode interagir com seus dados através das animações de zoom e panning do IGB.

O IGB permite que você acesse e carregue genomas de sites do QuickLoad, que são sistemas simples de diretórios, sequências e outros arquivos de dados para fins de visualização. O IGB fornece funcionalidade avançada com suporte a plugins para adicionar funcionalidade e automação de fluxo de trabalho através do uso de scripts. O IGB também oferece recursos avançados para compartilhar seus dados, seja publicando-os como uma imagem JPEG, PNG ou SVG de alta qualidade ou armazenando dados no Dropbox para fornecer aos seus colaboradores acesso ao seu projeto.

O IGB é usado principalmente por pesquisadores universitários, biólogos e bioinformáticos. Ele fornece ferramentas avançadas para abrir uma variedade de formatos de dados do genoma, visualizar dados como gráficos diferentes e compartilhar dados com os colaboradores. Infelizmente, o programa depende de subsídios para desenvolvimento contínuo, o que significa que o suporte para o aplicativo pode ser interrompido a qualquer momento. No entanto, o Integrated Genome Browser ainda é um programa capaz e personalizável para usuários que desejam explorar e analisar seus dados genômicos.

Tipos de arquivos suportados

Extensão de arquivo principal

.XML - arquivo XML

Outras extensões de arquivo usadas pelo Integrated Genome Browser 9

Tipos de arquivos suportados
.CAMA	Arquivo de rastreamento de anotações da UCSC BED
.DAS	Sessão de Análise DeltaMaster
.FA	Arquivo de Sequência Formatado pelo FASTA
.FAS	Arquivo de Sequência FASTA
.FASTA	Arquivo de Sequência FASTA
.GB	Arquivo de Dados do GenBank
.SGR	Arquivo de dados do genoma SGR
.USEQ	Arquivo de dados do genoma USeq