Contente
- Visão geral do software
- Tipos de arquivos suportados
- Extensão de arquivo principal
- Outras extensões de arquivo usadas pelo Integrated Genome Browser 9
| Versão (a partir de 29/06/2016) | 9 |
| Plataformas | |
| Licença | Código aberto |
| Categoria | Científico |
| Mais informações (visite o site do editor) |
| Avaliação: 2.8 / 5 (6 votos) |
Visão geral do software
Principais características
- Suporta vários formatos de genoma, como GenBank e FASTA
- Interagir com dados com animações de zoom e panning
- Acessar e carregar genomas de sites do QuickLoad
- Transforme dados em várias formas gráficas
- Compartilhe dados com colaboradores por meio do Dropbox
- Instalar plugins para funcionalidade adicional
Integrado Genome Browser (IGB) é um programa de código aberto usado para visualizar e explorar grandes conjuntos de dados genômicos. Você pode visualizar vários formatos de dados, interagir com seus dados, criar gráficos, salvar suas informações como imagens e compartilhar seus dados com os colaboradores.
O IGB permite visualizar dados de anotações e seqüências alinhadas. O programa suporta uma variedade de formatos como FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband e GenBank. Você pode pegar dados e transformá-los em uma variedade de formas gráficas, incluindo gráficos de incompatibilidade para destacar diferenças de dados e gráficos de profundidade para mostrar a cobertura. Você também pode interagir com seus dados através das animações de zoom e panning do IGB.
O IGB permite que você acesse e carregue genomas de sites do QuickLoad, que são sistemas simples de diretórios, sequências e outros arquivos de dados para fins de visualização. O IGB fornece funcionalidade avançada com suporte a plugins para adicionar funcionalidade e automação de fluxo de trabalho através do uso de scripts. O IGB também oferece recursos avançados para compartilhar seus dados, seja publicando-os como uma imagem JPEG, PNG ou SVG de alta qualidade ou armazenando dados no Dropbox para fornecer aos seus colaboradores acesso ao seu projeto.
O IGB é usado principalmente por pesquisadores universitários, biólogos e bioinformáticos. Ele fornece ferramentas avançadas para abrir uma variedade de formatos de dados do genoma, visualizar dados como gráficos diferentes e compartilhar dados com os colaboradores. Infelizmente, o programa depende de subsídios para desenvolvimento contínuo, o que significa que o suporte para o aplicativo pode ser interrompido a qualquer momento. No entanto, o Integrated Genome Browser ainda é um programa capaz e personalizável para usuários que desejam explorar e analisar seus dados genômicos.
Tipos de arquivos suportados
Extensão de arquivo principal
.XML - arquivo XMLOutras extensões de arquivo usadas pelo Integrated Genome Browser 9
| Tipos de arquivos suportados | |
|---|---|
| .CAMA | Arquivo de rastreamento de anotações da UCSC BED |
| .DAS | Sessão de Análise DeltaMaster |
| .FA | Arquivo de Sequência Formatado pelo FASTA |
| .FAS | Arquivo de Sequência FASTA |
| .FASTA | Arquivo de Sequência FASTA |
| .GB | Arquivo de Dados do GenBank |
| .SGR | Arquivo de dados do genoma SGR |
| .USEQ | Arquivo de dados do genoma USeq |
